商标注册证明通知书遗失丢了，申请人在商标局注册大厅直接办理的，当场核发新的商标变更证明通知书；邮寄补发办理的，商标局收到文件后7个工作日内办理完成，核发商标变更证明。

根据商标局2018年12月11日发布的《关于改变补发变更/转让/续展证明申请方式的公告》，公告中承诺，自2018年12月17日起，申请人可在商标受理大厅（含北京、广州、上海、重庆、济南、郑州）直接办理，立等可取；也可通过邮寄办理，邮寄办理的，需在信封上标注“补发变更证明业务”，自收到7个工作日之内完成。

申请补发商标变更证明通知书，需要向商标局提交的文件包括：《补发变更/转让/续展证明申请书》、申请人的主体资格证明文件复印件（企业为营业执照副本，自然人为身份证）。每一份商标变更证明收费标准为50元。