商标变更证明丢了应当向商标局申请补发，商标变更证明和商标注册证是商标注册人享有注册商标专用权的凭证。

根据《商标法实施条例》第六十四条第二款的规定，商标注册人遗失变更证明的，应向商标局及时提出补发变更证明申请。

申请补发商标变更证明通知书，可以自行向商标局办理，自己办理的，补发的商标变更证明商标局以邮寄方式邮寄给商标注册人。也可以委托在商标局备案的商标代理机构办理，申请材料由该商标代理机构提交至商标局，商标局将补发的商标变更证明发送至商标代理机构，由代理机构转送至商标注册人。

申请商标变更证明通知书，需要向商标局提交以下文件：

（1）每申请补发一件商标变更证明，提交《补发变更/转让/续展证明申请书》1份；

（2）申请人主体资格证明文件复印件1份（企业为营业执照副本，自然人为身份证）。

委托商标代理机构办理的，还需要提交《商标代理委托书》1份，以上材料均需要由商标注册人签章。

1件商标变更证明补发费用为50元官费，委托商标代理机构办理的，还需要支付代理费用。商标局收到补发材料后15-30天左右核发商标变更证明。