商标转让申请方式有电子申请和纸质申请二种方式，电子申请即网上申请，在商标网上服务系统上传转让人和受让人双方各自签章的身份证证明扫描件，格式为PDF；上传双方各自签章的商标代理委托书扫描件，格式为JPG；上传双方签章盖章的同意转让证明扫描件，格式为PDF，并按系统要求填写转让信息即可完成转让申请。
在商标网上服务系统申请注册商标转让的，不用在邮寄纸质材料给商标局，注册商标转让证明发电子版。而以纸质申请方式申请的，需要邮寄材料，发给纸质版的注册商标转让证明。